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MS软件模块翻译-GULP动力学任务 显示动力学模块

yuyutoo 2024-10-22 18:46 5 浏览 0 评论

GULP动力学任务允许您通过求解牛顿经典运动方程来模拟结构中的原子在计算力的影响下如何随时间的函数运动，该方程在适当的情况下进行了修改，以考虑温度和压力对体系的影响。


分子动力学的主要应用

ü 进行在动力学模拟过程中构象搜索，体系经历构象和动量的变化，从而可以研究结构中可以存在不同相空间的部分。

ü 生成统计系综——通过提供几种控制模拟体系温度和压力的机制，分子动力学生成统计的体系，可以从中计算各种能量、热力学、结构和动力学性质。

ü 研究结构的变化，为现在的晶体学在了解各种材料和化合物的静态结构提供了一个窗口，但是分子间碰撞和构象的变化会始终存在。结构运动的研究可用于推导扩散系数等性质。



进行分子动力学计算

1.从预先存在的文件中导入结构，或者使用MS的建模界面构建晶体、表面和单壁纳米管等新的3D周期体系。

2.从菜单栏中选择Modules | GULP | Calculation（模块|GULP |计算）以显示GULP Calculation对话框。

3.如果您希望生成一个新的或拟合的力场用于计算，则应在继续下一步之前完成力场拟合。

4.选择“GULP计算”对话框上的“设置”选项卡，然后从“任务”下拉列表中选择“动力学”。

5.从力场下拉列表中选择要用于计算的合适力场库。如果要检查力场库中参数化的势，请单击“查看…”...

按钮以显示列表。如果要从当前项目或本地和网络位置导入力场库，请选择“浏览…”...从“力场”下拉列表中，显示“选择GULP力场”对话框，然后导航到并选择所需的.lib文件。

6.如果您希望自定义任何作业设置，请单击“更多…”...按钮，以显示GULP动力学对话框并相应地更改参数。

7.选择“性质”选项卡。如果希望在GULP运行过程中计算体系的任何其他性质，请选中列表中的相应复选框。

8.选择作业控制选项卡，然后从网关位置下拉列表中选择要在其上运行GULP作业的服务器。如有必要，请指定作业将提交到的队列。GULP将根据包含正在研究的体系的3D结构文档的名称自动为作业指定一个名称。如果要指定替代名称，请取消选中“自动”复选框，然后在“作业任务”文本框中输入新名称。

9.在“并行运行”字段中指定要在其上运行作业的内核数。

10.点击更多...按钮显示GULP作业控制选项对话框。选择要用于实时更新的文档，并设置GULP在作业完成时的行为。

11.单击Run（运行）按钮。

12.如果您愿意，您可以检查中间结果，以确保计算参数是合理的。

13.作业完成后，查看输出文件。然后您可以分析结果。



注意：评估分子动力学计算的精确性并不容易。一个指标是温度和压力（如相关）是否保持在要求的值。另一个指标是作为模拟时间函数的运动常数中的振荡幅度。运动常数的性质取决于所使用的系综，在最简单的NVE情况下，它只是总能量恒定。更复杂的组合将恒温器和气压计的贡献添加到总能量中，以构成运动常数。重要的一点是，在计算过程中，需要进行观察体系的变化趋势。这种体系变化趋势出现漂移可能表明，例如，时间步长太大，或者体系没有正确地方式进行采样。

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